Das Thüringer Becken macht bezüglich der Fläche den größten Teil Thüringens aus und erstreckt sich vom Harz im Norden bis zum Thüringer Wald im Süden. Im Westen schließt sich das hessische Bergland an. Im Südosten liegt das Thüringer Schiefergebirge, dessen Randverwerfung die Grenze darstellt. Im Nordosten schließlich wird es durch die Finne-Störung begrenzt, die von Sachsenburg, 7 km S Bad Frankenhausen, 90 km weit bis Gera verläuft. Die N-S-Ausdehnung beträgt etwa 75 km, die W-E-Ausdehnung rund 100 km. Die größte Stadt ist Erfurt. Weitere bekannte Städte sind Weimar, Jena und Eisenach. Das Gebiet liegt zwischen 150 m und 300 m NN, einzelne Erhöhungen können aber bis 500 m NN erreichen.
Wie der Name sagt handelt es sich um ein Becken, das von Schichten des Trias (also Buntsandstein, Muschelkalk und Keuper) und des Zechsteins aufgebaut wird. Darunter liegen Salz- und Gipsablagerungen des Zechstein. Durch eine große Anzahl von meist herzynisch verlaufenden Störungen wird der geologische Aufbau kompliziert.
Durch die Beckenstruktur fallen die Schichten vor allem am N- und S-Rand zur Beckenmitte hin. Durch die Abtragung haben sich Schichtkämme gebildet. So sind z.B. die Hainleite und der Dün der Schichtkamm des Unteren Muschelkalks und die Windleite der des Buntsandsteins.
Die Erhöhungen innerhalb des Beckens sind salztektonischen Ursprungs. Der Bildungsvorgang ist identisch mit dem Salzaufstieg in der Norddeutschen Tiefebene (Siehe Geologischer Aufbau von Norddeutschland). Zu diesen halokinetischen Erhebungen gehören Hainich, Finne und Großer Ettersberg.
In beiden Arten von Erhöhungen kann verarstungsfähiges Gestein so weit herausgehoben sein, dass eine Verkarstung auch tatsächlich erfolgen kann. Dadurch wird zwar eine Verkarstung möglich, die sich aber immer auf kleine höhergelegene Gebiete beschränkt. Im Becken selbst findet nämlich keine Verkarstung statt, da der Vorfluter zu hoch liegt.
Allerdings sind bisher kaum größere Höhlen entdeckt worden. Rühmliche Ausnahme ist die Karsthöhle Dienstedt. Ansonsten gibt eine große Anzahl von Karstquellen, die meist mächtige Travertin- oder Kalktufflager aufgebaut haben, lassen auf diese Hohlräume schließen. Denn irgenwo muß dieser Kalk ja herkommen.
An den vielen Karstquellen im Thüringer Becken haben sich große Kalktufflager gebildet.
Wenn das kalkhaltige Karstwasser ins Freie tritt, entweicht ein großer Teil der enthaltenen Kohlensäure (CO2) in die Atmosphäre. Weitere Kohlensäure wird durch Moose und Flechten im Bachbett verbraucht, die sie mit Hilfe der Photosynthese spalten und den Sauerstoff an die Atmosphäre abgeben. Dadurch verliert das Wasser die Fähigkeit, den Kalk in Lösung zu halten. Der Kalk fällt dann im Bachbett aus und bildet mitunter große Kalktuffterrassen.
Bei dieser Ablagerung können ins Wasser gefallene Tier und Pflanzenreste mit Kalk überzogen und so konserviert werden. Das gilt auch für menschliche Überreste, was die Kalktuffe manchmal zu außergewöhnlichen archäologischen Fundstätten macht. Manchmal bilden sich auch Primärhöhlen (Siehe Tuffhöhlen), allerdings ist aus Thüringen keine derartige Höhle bekannt.
Die volkstümliche Bezeichnung Kalktuff wird auch in der Höhlenkunde häufig verwendet. In Thüringen wird er Travertin genannt, ein Begriff den auch Steinmetze häufig benutzen. Wenn man dieses Material als Wandverkleidung oder Bondenplatte benutzt, wird es unter diesem Namen angeboten. In der Geologie oder Mineralogie werden die Bezeichnungen Süßwasserkalk und Kalksinter benutzt.