Die Messinische Salinitätskrise ist ein recht bedeutendes geologisches Ereignis, das massive Veränderungen für Europa mit sich brachte. Kurz gesagt handelte es sich bei diesem Ereignis um die Austrocknung des Mittelmeers, wobei der Meeresspiegel bis zu 300 m unter dem Meeresspiegel (dem Spiegel der Weltmeere) sank und ein großer Teil des heutigen Mittelmeergebiets zu Land wurde. Dies ereignete sich um 5,96 bis 5,33 Ma, während des Messiniums, einem Zeitalter des Miozäns. Es dauerte etwa 600.000 Jahre und begann mit der Schließung der Straße von Gibraltar durch geologische Bewegungen und endete mit ihrer Wiederöffnung.
Das Mittelmeer hat Flüsse, die ins Meer münden, und das Meerwasser verdunstet aufgrund der von der Sonne gelieferten Energie von seiner Oberfläche. Auf dem aktuellen Längengrad ist das Klima durch eine Trockenzeit im Sommer und eine Regenzeit im Winter geprägt. Die Niederschläge auf diesem Längengrad reichen nicht aus, um das verdunstende Wasser zu ersetzen, und schließlich wird das Meer nach einiger Zeit vollständig verdunsten. Das passiert natürlich nicht, denn es gibt noch einen anderen Einfluss: Der Atlantik liefert zusätzliches Wasser durch die Öffnung bei Gibraltar. Das Meerwasser fließt auf dem Grund der Meerenge in das Mittelmeer, während das Wasser des Mittelmeers an der Oberfläche in den Atlantik fließt. Der Strom in das Mittelmeer ist jedoch viel größer und gleicht die Differenz vollständig aus. Es handelt sich um einen einfachen Kreislauf: Wenn nicht genug Wasser vorhanden ist, sinkt der Pegel des Mittelmeers und es fließt mehr Wasser zu, weil es steiler ist. Wenn mehr Wasser aus den Flüssen kommt, steigt der Meeresspiegel, der Zufluss wird flacher und es gibt weniger Zufluss. Das ist eigentlich ganz einfach.
Aber die sogenannte Krise war die Blockade dieser Verbindung. Das Wasser des Mittelmeers nahm kontinuierlich ab, wurde immer salziger, der Meeresboden wurde zu Land, das fruchtbar war, aber später, als das Salz ausfiel, wurde es von Salz bedeckt, ähnlich wie die Salzseen in den Rocky Mountains. Aber auch die Hydrologie der umliegenden Länder änderte sich massiv, obwohl die Flüsse viel weiter fließen mussten, um das Meer zu erreichen. Der Vorfluter war nicht nur weiter entfernt, sondern auch viel tiefer. Infolgedessen sank der Grundwasserspiegel in vielen Gebieten, insbesondere in verkarsteten Gebieten mit massiver unterirdischer Entwässerung. In anderen Gebieten schnitten sich die Flüsse tief in die Felsen ein. Und schließlich entstanden Höhlensysteme weit unter dem Meeresspiegel.
Als sich die Verbindung wieder öffnete, kam es zu einem Ereignis, das als Zanclean Flood bezeichnet wird. Der Atlantik eroberte das Becken zurück, der Meeresspiegel stieg ziemlich schnell an, alle Gebiete unterhalb des Meeresspiegels wurden überflutet, und die Entwässerung musste sich erneut anpassen. Die Flüsse, die durch Schluchten unterhalb des Nullpunkts flossen, wurden zu Flussmündungen und füllten sich langsam mit Kies und anderen Sedimenten. Die Höhlensysteme unter dem Meer wurden ebenfalls überflutet, aber da es keinen Abfluss mehr gab, oder besser gesagt, da das Meerwasser am Abfluss denselben Druck hatte wie das Süßwasser vom Land, gab es keine Bewegung mehr. Das Wasser musste viel weiter oben im Gestein abfließen, wo sich neue Höhlen bildeten.
Dieses geologische Ereignis ist für alle Karstgebiete rund um das Mittelmeer von großer Bedeutung. Die zeitweilige Entwässerung auf ein niedrigeres Niveau führte zur Bildung von Höhlen, die sich mit der derzeitigen Entwässerung nicht erklären lassen. Die spektakulärsten Höhlen dieser Art befinden sich an der Ardeche. Die Höhlenforscher hatten große Probleme, die Entstehung von Höhlensystemen zu erklären, die für den heutigen Vorfluter viel zu niedrig liegen. Das ist der Grund warum gerade die Messinische Salinitätskrise für die Höhlenentwicklung im gesamten Mittelmeerraum von so großer Bedeutung ist.